Kamatenesi theo học trường Trung học phổ thông Ngânwa cho chương trình giáo dục O-Level, từ năm 1984 đến năm 1988. Năm 1985, bà gia nhập trường trung học Mary Hill ở Mbarara, cho các nghiên cứu A-Level của mình. Năm 1993, bà được nhận vào Đại học Makerere, trường đại học công lập lớn nhất và lâu đời nhất của Uganda. Bà học Botany và Zoology, tốt nghiệp với bằng Cử nhân Khoa học. Bà đã học lấy bằng Diploma về Giáo dục sau đại học, cũng từ Makerere. Thạc sĩ Khoa học về Môi trường và Quản lý Tài nguyên Thiên nhiên và Tiến sĩ Triết học về Y học Dân tộc học và Ethnopharmacology, đều được lấy từ Đại học Makerere.[2]